Sans les conseils et la protection de leurs professeurs, Harry, Ron et Hermione ont pour mission de détruire les horcruxes, les origines de l'immortalité de Voldemort. Bien que plus que jamais ils doivent compter l'un sur l'autre, les forces du mal menacent de les désunir. Les Death Eaters de Voldemort ont pris le contrôle du ministère de la Magie et de Hogwarts et ils recherchent Harry. Aussi Harry et ses amis se préparent pour la dernière confrontation.

À sa cinquième année à l'école de sorcellerie de Poudlard, Harry Potter passe pour un illuminé, le ministre de la magie Cornelius Fudge ayant officiellement réfuté les révélations de l'adolescent et de son directeur, Dumbleore, disant que le terrifiant Lord Voldermort est de retour. Une nouvelle professeure à Poudlard refuse d'enseigner les techniques défensives magiques, et Harry crée donc un groupe de résistance clandestin, surnommé l'armée de Dumbledore, à l'image de l'Ordre du Phénix.

Cette sixième année scolaire de Harry Potter à l'école de sorciers commence par une dispute avec son ennemi juré Draco Malfoy, en qui les forces des ténèbres placent désormais leurs espoirs. Accaparés par les émois et les malentendus amoureux, Hermione et Ron remarquent à peine que Harry enquête à la demande de Dumbledore sur le passé du professeur Slughorn. Entré dans le cercle des intimes de l'enseignant sur la foi de bonnes notes grâce à un manuel scolaire annoté, Harry se rapproche du but.